日本語でいう「心から」は英語にすると「from the heart」になりますが、リラックスできることを「心から」すると言う概念はないので、別の表現をお勧めします。
「This is a cafe where you can truly relax」
ここで使う「truly」は「真に」・「本当に」に該当します。
とてもリラックスできるカフェだと言う印象を与えることができると思います。
もちろん、「This is a cafe where you can relax from the bottom of your heart」とも言えますが、ネイティブが書いた文書ではないのはすぐバレます。
それは決して悪い事ではないので、 heart を入れた文書が良いのなら、それで行った方が良いかもしれないですね。それが質問者様の心からの意思ならば。
"This is a wonderful cafe where you can truly relax."
"ここは心からリラックスできる素敵なカフェです"という表現は英語では "This is a wonderful cafe where you can truly relax."と言います。"心から"は英語で " truly "と表現し、"リラックスできる"は " can relax "となります。そして、"素敵な"は " wonderful "、"カフェ"は " cafe "と訳すことができます。