What matters is what you can't see, what you feel deep down in your heart.
What you can't see but feel deep down is what really matters most.
「誰も見えない心の奥で何を思っているかが大切」を「直訳っぽくネイティブ風」に英訳すると、次のように表現することも出来ます。
●What matters is what you can't see, what you feel deep down in your heart.
「心の奥で感じるもの、見えないものが大事である。」
what matters→大事なのは
what you can't see→見えないもの
what you feel deep down in your heart→心の奥で感じるもの
●What you can't see but feel deep down is what really matters most.
「見えなくても心の奥で感じることが、本当の意味で最も大事である。」
feel deep down→心の奥で感じる
what really matters most→本当の意味で最も大事なもの
少しでもお役に立てれば幸いです。