I was supposed to come back for a follow up in 2 weeks but couldn't make it so could I please make a new appointment?
"I was supposed to~"で"本当は~をしないといけないことになっていた"と言う訳になります。
"a follow up"で経過観察の意味になります。これは英語圏の病院に通院する時には必ず使われる言葉です。
"in ~ weeks"もよく使われます。訳は"~以内"です。weeksをdaysなどに代えて使えます。