Make Thomas on the right and Percy on the left when you put them on.
Look! Thomas on the right, Percy on the left. Yes, make Thomas on the right and Percy on the left when you put them on.
【訳】見て!トーマスが右、パーシーが左。そうそう、履く時にトーマスを右に、パーシーを左にしてね。
put shoes on で「靴を履く」です。
make A 〜〜 で、「Aを〜〜にする」という事ができます。
makeの代わりにputにして「トーマスを右に、パーシーを左に置いてね」と言ってもいいと思います。