鼻の頭のニキビが目立って気になってしまうって英語でなんて言うの？

ニキビは「pimple」と言います。「spot」でも大丈夫です。
また、鼻の頭は「tip of my nose」になります。鼻の先っちょのことですよね。
因みにもし、目と目の間の部分でしたら、「bridge」と言います。

したがって、「The pimple at the tip of my nose is prominent and it bothers me」を提案させていただきました。

何かが突出して、目立つ様子は「prominent」という単語を使います。
ニキビだけでなく、例えば、橋下徹のような有名な政治家だったら「Hashimoto Toru is a prominent Japanese politician」と言えます。

この場合、次のような言い方ができますよ。

ーI can really notice a pimple on the end of my nose, it makes me feel really self-conscious.
「鼻の頭もニキビが目立って気になってしまう」
to notice「目につく」
a pimple「ニキビ」
on the end of one's nose「鼻の頭に」
to feel self-conscious「気にする」

ご参考まで！