The pimple at the tip of my nose is prominent and it bothers me
ニキビは「pimple」と言います。「spot」でも大丈夫です。
また、鼻の頭は「tip of my nose」になります。鼻の先っちょのことですよね。
因みにもし、目と目の間の部分でしたら、「bridge」と言います。
したがって、「The pimple at the tip of my nose is prominent and it bothers me」を提案させていただきました。
何かが突出して、目立つ様子は「prominent」という単語を使います。
ニキビだけでなく、例えば、橋下徹のような有名な政治家だったら「Hashimoto Toru is a prominent Japanese politician」と言えます。