Salary goes up not based on your faculty of work but based on how long you have worked for a company.
The longer you work for a company, the higher your salary goes, regardless of your capacity.
Your capacity doesn't matter for salary. Just how long you are employed affects it.
1は元々の質問者さんの日本語に一番近いと思います。not... but~ で、...ではなく〜である、という言い回し、ここでは能力ではなく勤める長さ、という意味で使われています。base on という表現は~によって、という意味です。この二つの言い回しが組み合わさり、このような表現になっています。2は長く働くほど、給料も上がる、という文を先に持ってきて、カンマの後に能力は関係ない、という捕捉をいれている形の文です。the比較級〜, the 比較級...という表現は~するほど...になっていく、という意味です。regardless of~は、〜に関わらずという意味で、とても便利な表現です。 3の文を訳すと、能力は給料に関係ない、ただ働いた年数によって決まる、という意味です。2つの文に分けることで、話すときにもっと言いやすいのではないかと思い、回答にこの表現も入れて見ました!
Your salary will increase in accordance to how long you have been employed not based on your ability.
この文章は、未来の話しですので、未来形を使う。”Your salary will increase"は「あなたの給料は上がって行く」を指す。どのくらい長く勤める影響で、未来にだんだん上がる。そうすると、"in accordance to how long you have been employed"を書く。最後に "not based on your ability" は「自分の能力じゃなくて」という意味です。