If we can't meet in person, would it be alright if we skype?
Do you mind if we talk by skype in case we can't meet?
一つ目の英文は "If we can't meet in person" を最初に書いている。「もし、会えることができなかったら」という意味です。そして, "would it be alright if we skype?" は「スカイプで大丈夫ですか?」を指す。
この文章は最初の部分は条件「if we...」を書いてるだけど、最後の部分を書いたら、全然平気です。
二つ目の英文は "Do you mind if we talk by skype" は「スカイプでお話構わないですか」という意味です。そして、"in case we can't meet" は「私達は会えない場合」と翻訳できる。日本語でこの順番はおかしいかもしれないけど、英語で大丈夫です。