遊戯施設の受付で、「滞在時間が1時間を過ぎると延長料金が発生するので、自分で残り時間を確認してください」とお願いしたいです。
1) "1時間を過ぎると延長料金が発生しますので残り時間を確認してください" という意味です.
1時間を過ぎると : if you exceed one hour.
延長料金が発生します: you'll have to pay an extension fee / it'll cost you and extension fee.
残り時間を確認してください : please keep track of the remaining time / please keep checking the remaining time.
最初の文は「もし滞在時間が一時間を過ぎた場合追加料金が発生するのでどうかご自分で残り時間の管理(確認)をおねがいします」となり次のが「一時間の滞在時間を過ぎたら追加料金が適用されます。どうかご自分で残り時間の管理をおねがいします」で「applied」を使って適用されると言い足してます。