街に待ち合わせする場合などは 'What time should I come to meet you?' 「何時に合いに行けばいいですか」を使えばいいです。
例えば駅まで車で迎えに行く場合は 'What time should I come pick you up?' 「何時に迎えに行けばいいですか」を使えばいいです。'pick up' は人か物を拾ってどこかへ送ることですから。
少しカジュアルな言い方になりますが、
What time do you want me to pick you up?
「何時に迎えに来て欲しい？」
と尋ねることもできます。
What time～「何時に」
want 人 to do「人にto doして欲しい」
pick ～ up / pick up ～「～を拾う・迎えに行く」
Can you come pick me up at the station tomorrow?
「明日駅まで迎えに来てもらえる？」
OK. What time are you arriving?
「いいよ、何時に着くの？」
会話には文脈が伴いますから、場合によってはこのように「何時に着くの？」と聞くことが「何時に迎えに行けばいいか」と尋ねるのと同じ意味になるようなこともあります。
ご参考になれば幸いです。
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