ビルの「階」は一般的の floor と呼ぶし 専門的の story とも呼びます。
「何階になる」の「何階」は階の数を尋ねているので How many という疑問詞を用いて、 stories か floors をつけます。名詞を複数形にする必要があります。
「〜階がある」というのは英語で to have を使います。特徴など、名詞である特殊を述べるときに使います。そして、
How many floors (もしくは stories) do you think it will have?
となります。
that は関係代名詞です。 think と it will have の文章を繋ぐ「接着剤」の用途であります。
How many floors do you think the tower will have when they repair the building?
この場合は「何階」が(how many floors)になります。「何かをすると」という表現は(when...)がいいと思います。例えば、"When I ride the train, I read a book." のように使えます。「電車を乗ると、本を読みます」。注意点 エレベーターを乗ると、「何階に出ますか?」ということを聞きたい時には(how many floors)ではなくて、(which floor)を使えます。