上記の英訳文はいかがでしょうか。
直訳すると、一つ目の英訳文は「（これらのうち）一つを後で食べてもいいですか？」、二つ目の英訳文は「（私は、これらのうち）一つを後から食べたいんですが…良いですか？」となります。
なお、「おばさんの作ったマフィン」と言いたい場合は、"them"を"the muffins made by my aunt"や"my auntie's muffins"にすれば、そのものがなくても言うことができます。つまり、
Can I have one of my aunt’s muffins later?
I would like to eat one of my auntie’s muffins later... Is that ok?
となります。
お役に立てれば幸いです。
A: These muffins look delicious! Can I have one later?
(このマフェン美味しそう！あとで一つもらっていい？)
または、
These muffins smell delicious! Can I eat one later?
(このマフェン美味しそうな匂い！あとで一つ食べていい？)
B: Sure. (もちろん)。
参考までに！
イギリス 
アメリカ合衆国 
