For forty thousand yen, you can upgrade to an aisle seat.
直訳が「if you upgrade with forty thousand yen, we can prepare an aisle seat」ですが、それはちょっとナチュラルではありません。
For forty thousand yen(お値段が4万円・４万円で), you (あなたが） can upgrade （アップグレードできます）to an aisle seat（通路側の席）.
ちなみに、窓側の席が「window seat」と言います。
If you spend 40,000 yen and upgrade from economy class, we can arrange for an aisle seat.
この場合で「通路側の席をご用意できます」というところが we can arrange for an aisle seat と相当します。
4万円でアップグレードすれば if you spend 40,000 yen and upgrade from ~
通路側 aisle
席 seat
用意 arrange
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I can give you an aisle seat, but it will cost 40,000 yen for the upgrade.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーI can give you an aisle seat, but it will cost 40,000 yen for the upgrade.
「通路側の席をご用意できますが、アップグレードに4万円かかります」
an aisle seat で「通路側の席」
to cost で「かかる」
ご参考まで！
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