Have every department come together for a group syuurei.
「朝礼」と「終礼」は英語がありませんからそのまま名詞として文章に入れたらいいと思います。日本の文化と朝礼に慣れている方は違和感を感じません。
命令は： Have (〜させて） every department それぞれの部署） come together (集まって） for a group syuurei （グループで行う終礼のため）。
「終礼」を meeting と呼んでもいいと思います。
Please have today's end of the day assembly for all the departments together instead of separately.
Please have today's end of the day assembly for all the departments together instead of separately.
「今日は部署ごとでなく全体で終礼を行わせてください」という意味です.
Please have ：行わせてください
today's end of the day assembly ：今の終礼
for all the departments together ：部署全体で
instead of separately：別々にではなく
アメリカ合衆国 
モロッコ 
