You got a call from Mr./Mrs. X at Y. I told him/her that you would call back later.
考えた文が間違いなく正しい意味を伝えます。特に変なところでもありませんが、少し変えたらもっとナチュラルな文になります。
'You got a call from Mr./Mrs. X at Y.'
最初のXは相手の名前で、苗字だけなら Mr./Mrs. を付けないとなりません。
フルネームの場合は付けてもいい、付けなくてもいいです。
Y は会社名で後ろに 'firm' を書くのがちょっとおかしいです。そして 'in' より 'at' がナチュラルです。働いているところを話すと 'at' を使いますから、たとえば：「イー音で働いている」'I work at Aeon'
会社が何箇所の支店があれば、そう書けばいいです。たとえば：
You got a call from Mr. Smith at the Scranton office of Dunder Mifflin.
I told X that you would call X back later.
相手の名前はもう伝えていますからこちら二回目のXは 'him/her' を書けばいいです。
三回目のXはいらないから削除してください。
You received a call from ○○ from ○○. I let ○○ know that they could expect a call from you later on.
ご質問ありがとうございます。
「様から[連絡](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/73709/)がありました。折り返すとお伝えしました」は英語で「You received a call from ○○ from ○○. I let ○○ know that they could expect a call from you later on.」と言います。
また、Desuさんの英文通りでも問題ないです。
ご参考になれば幸いです。
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