どうやってドローンを40キロも飛ばしたんだろう？って英語でなんて言うの？

「distance」を含めたら「a distance of 40 kilometers」の方が正しいですが、普通は「distance」と言わなくていいです。４０キロはもちろん「distance」なので、相手がそう聞いたら「当たり前だ！」と思ってしまいます。
例文１は過去形（did they fly）です。
例文２はcould+現在完了 (could have done)

I wonder の表現は良いですがその後に how did they flyを
使うのは不自然です。
Didは 省いて fly を過去形で flew に変えます。

How did they fly... は既に疑問的な表現なので I wonder が既に
含まれてると考えると良いでしょう。

40キロは複数形なので 40 kilometers と言います。