Now we make payment for the goods already shipped.
既に出荷された商品 は、ship(出荷する)を使って
the goods (which were) already shipped
となります。
〜の分を支払う は、
pay for〜
make payment for〜
最後に「とりあえず」は日本語としても軽い意味合いなので、now 程度でいいと思います。
以上から
Now we make payment for the goods already shipped.
という文になります。