Now we make payment for the goods already shipped.
既に出荷された商品 は、ship(出荷する)を使って
the goods (which were) already shipped
となります。
〜の分を支払う は、
pay for〜
make payment for〜
最後に「とりあえず」は日本語としても軽い意味合いなので、now 程度でいいと思います。
以上から
Now we make payment for the goods already shipped.
という文になります。
For now I'm going to pay for the products that have already been shipped.
I'll pay the rest of the money when the reminder of the products are shipped.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーFor now I'm going to pay for the products that have already been shipped.
「とりあえず、すでに出荷された商品の分だけ支払います」
ーI'll pay the rest of the money when the reminder of the products are shipped.
「残りの商品が出荷された時に、残りの金額を払います」
ご参考まで!