難しい問題だけど一緒に考えていこうって英語でなんて言うの？

この例文の「it」は problem (問題)のかわりに使われました。シチュエーションの意味もあります。

何に考える
think something over
think things through
think about something
この表現はだいたい同じ意味があります。悩んでいるときにも使われます。

「I know」や 「yes」は、あなたは相手をもっと支えたい場合に言います。

こんにちは！
ご質問ありがとうございます。

先のアンカーさんが回答されているので、ここでは他の例を挙げてみます。

I know it's tough, but let's think it through together.
とすると、「難しい問題だけど、一緒に考えていこう」となります。

役に立ちそうな単語とフレーズ
think through 考え抜く、とことんまで考える、じっくりと考える

参考になれば幸いです。