I know it's tough, but let's think it through together.
Yes, it's difficult, but let's think about it together.
この例文の「it」は problem (問題)のかわりに使われました。シチュエーションの意味もあります。
何に考える
think something over
think things through
think about something
この表現はだいたい同じ意味があります。悩んでいるときにも使われます。
「I know」や 「yes」は、あなたは相手をもっと支えたい場合に言います。