I know it's tough, but let's think it through together.
Yes, it's difficult, but let's think about it together.
この例文の「it」は problem (問題)のかわりに使われました。シチュエーションの意味もあります。
何に考える
think something over
think things through
think about something
この表現はだいたい同じ意味があります。悩んでいるときにも使われます。
「I know」や 「yes」は、あなたは相手をもっと支えたい場合に言います。
I know it's tough, but let's think it through together.
こんにちは!
ご質問ありがとうございます。
先のアンカーさんが回答されているので、ここでは他の例を挙げてみます。
I know it's tough, but let's think it through together.
とすると、「[難しい問題](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/36244/)だけど、一緒に考えていこう」となります。
役に立ちそうな単語とフレーズ
think through 考え抜く、とことんまで考える、じっくりと考える
参考になれば幸いです。