そんな[大変](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/35067/)なことがあったんですね。
の意味です。
have a hard time「[苦労する](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/62344/)、大変な目に遭う」
That must've been hard/tough.
"それは[大変](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/35067/)だったんですね〜" と言う意味です (難しいことがある時).
That must've been terrible.
"それは大変だったんですね〜" と言う意味です (恐ろしい、ひどいことがある時).
That must have been tough.
それは大変なことだったにちがいないよね。
I'm so sorry for you.
心から同情します。
That must have been tough. は起きた出来事に対してフォーカスしているのに対し、
I'm so sorry for you. は相手の気持ちにフォーカスしているので、後者の表現を使った方が、相手に対する労わりが伝わると思います。