トレーナーの先生に筋肉を意識してトレーニングするよう指示されました。
この場合の「意識する」は、engage your mind to --- や pay attention to --- が多く用いられます。
同じ「意識する」でも、be conscious だと概念やアイディアを意識するという意味合いになるので、あまり使われないのです。
例)
Pay attention to your abs when you do sit-ups. (腹筋のトレーニングをする際は腹筋に意識を持っていこう)
Engage your mind to your hamstrings when you stretch your legs.(脚をストレッチする際は膝の裏を意識しよう)
参考までに(^^)
Engage your core muscles.(体幹の筋肉を意識しましょう)
Make sure you feel the burn in your abs.(腹筋に効くのを感じるようにしましょう=腹筋を意識しましょう)
どちらもトレーナーがよく使う表現です!