My health was the one thing I thought I had going for me.
I've always been confident about my health but now I'm starting to wonder.
「取り柄」を調べると merit, a forte, a good point などいろいろ出てきますが、どれもここで使うと不自然な言い方になってしまいます。
「取り柄」は、何か優れていることや長所のことを言うと思うので、下のように言うのはどうでしょうか？
1) My health was the one thing I thought I had going for me.
直訳すると「健康だけは私にとって有利なことだと思っていた。」となり「健康だけが取り柄だった。」という意味になります。
have ... going for 人 「人にとって有利な…」を使って「取り柄」を表現してみました。
2) I've always been confident about my health but now I'm starting to wonder.
「いつも健康には自信があったが、今は疑問だ。」
「健康が取り柄」ということは「健康に自信がある」とも言えると思うので、confident about my health と言えると思います。
start to wonder で「疑問に思い始める」
ご参考になれば幸いです！
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