コースがいくつかありますが、自由に選択できますかって英語でなんて言うの？

どちらも「コースがいくつかありますが、好きなものを選べますか？」という意味です。

1) There are several different courses so can I choose whichever one(s) I like?

2) You have different courses to choose from. Can I pick the one(s) I'm interested in?

「選ぶ」は choose の他に、pick や select などと言えます。

Can I choose whichever course(s) I like?「どれでも好きなコースを選べますか？」
Can I pick the course(s) I'm interested?「興味のあるコースを選べますか？」

ご参考になれば幸いです！

「いくつかツアーがある」は「There are several tours」です。

自由に好きなのを選択できるかどうかを聞くなら「can I choose whichever I like?」と聞きます。

したがって、「There are several tours but can I choose whichever I like?」を推奨しました。