It said that you called me on Skype. What's wrong?
「said」は「書いてある」みたいなニュアンスで使われます。it は「記録」の代名詞担っています。
「〜が書いてあった」に文章を繋げると that をつける必要。that のあとに you called me on Skype (スカイプで電話かけた)を足しつけられます。
「なんかありましたか」は What's wrong? あるいは What happened? のどっちも言えます。
ご質問ありがとうございます。
フォーマルでも使えるような表現の訳にしてみました。
I had a missed call from you.
あなたからの不在着信がありました。
What did you want to speak to me about.
ご用件は何でしたか?
このように伝えると、例えばオンラインレッスンでの講師の方とのやり取りにも最適ですよ。
ご参考になれば幸いです。