What have I been doing for these 2 years?
この2年間、私は何してたんだ?
表現としては、What was I doing?! 私は何をしてたんだ?!
が言いやすいとは思いますが、現在完了進行形を使うと「一体この期間ずっと何やってたんだ!」と強調できると思います。
この形は
What have you been doing lately? ここ最近あなたは何してるの?
How have you been? (ここ最近)どうしてた?
というような表現の方が耳にしますが、これを自問することによって「私は何をしていたんだ」という言い方になると思います。