The book won't read to you if you put the pen there!
The pen won't (doesn't) work with this book.
1) 最初にお子様が音が出ない場所にペンを当てたら、正しい場所を指して”You have to put the pen here." 又、子供達にとって短くて分かりやすい文章が一番身につくので ”Let's put the pen here" や "Put the pen here"と言ってもいいです。 一回言ったらお子様が単語の意味がわからないかもしれないので、何回かPut the pen hereと言ったり、指さしながら "Here!"と言うと良いです。
2)もしWhy?と聞かれたら、The book won't read to us if you put the pen there! (そこにペンを当てたら、本が読み上げをしてくれないよ!)と、理由を言ってあげます。それとも、”The book won't make any sounds if you put the pen there!"
3) お子様が別の本でペンを使おうとしたら、The pen doesn't work with this book. 又は、The pen won't work with this book. と言ってください。ここでは現在形(doesn't)と未来形(won't)の使い分けがあまりないと思います。同じような意味が通じます。