こう聞けますよ、
前もって辞書で調べるよう頼んだのであれば、
❶What did the dictionary say?
(辞書にはなんと書いてましたか?)
と言いましょう。
その場で 辞書で調べさせるのなら、
❷What does the dictionary say?
(辞書にはなんて書いてますか?)
と言いましょう。
参考に!
質問者様の言うように、「What does it say in the dictionary?」が正しいです。
「辞書にはなんて書かれていますか?」と言う意味です。
また、「What's the dictionary definition?」もいいと思います。
これは「辞書での定義は?」と言う意味で、もっと洗練された表現です。