いるだけで迷惑って英語でなんて言うの？

かなり 厳しい言い方になりますが、
Your existence alone is a nuisance.
ストレートに「あなたの存在自体が迷惑」という意味です。
existence 存在
nuisance 邪魔/迷惑

遠回しに皮肉ぽく言いたいなら、
We can’t live without you.
(私たちはあなたなしでは生きていけない)

または、
What are we gonna do without you?
(あなたなしで私たちはどうなるの？)
と言えますよ、参考に！