I understand what you're saying at first but then it becomes hard to follow the conversation.
1) I lose track of what you're saying after a while.
直訳すると「しばらくしてからあなたの言っていることを見失った。」となり、「あなたがなんと言っているかわからなくなってきた」という意味になります。
lose track で「見失う・注意がそれる」
2) I understand what you're saying at first but then it becomes hard to follow the conversation.
「最初はあなたが話していることを理解できるけど、会話についていくのが難しくなっていきます。」
hard to follow the conversation で「会話についていくのが難しい」=「会話を理解するのが難しい」という言い方です。
ご参考になれば幸いです!