じゃそういうことにしとくって英語でなんて言うの？

if you say soは、直訳すると｢あなたがそう言うなら｣という意味です。
｢私にはよくわからない/理解できないけど、あなたがそう言うならそうですね。｣というニュアンスを含んでいます。

Whatever you say.
には２つの意味があります。

一つ目は If you say so. 「そういうことにとくよ」という意味です。
Whatever you say;「君がいうことなら何でもいいさ」
あきれてもう議論めんどくさいときなど、「まー何でもいいわ」と終わらせる時に使います。

二つ目は「お前がなんといおうともな！」
Whatever you say, it's true that you cheated on me with my best friend.
あんたが何て言いつくろったって、あんたが友達と浮気したことは事実じゃない！

直訳は「いいよ。最良の選択肢ではないけどね」です。
thoughは文末につけて、「…なんだけれどもね」というニュアンスです。