Have you decided your top three choices for school yet?
「第三希望まで」の「まで」は up to や until になりません。ここで、「第一と第二希望の候補」の続きに第3も決めたと言うことですね。だから、your top three choices for school (あなたのトップツリーの学校の候補)になります。
have you decided は「決めました?」と表現します。経験形という have + 過去分詞を使った文法は「決めることは過去や以前にできた」と意味します。Did you decide を簡単な「決めましたか?」としても言えますがその聞いている時点ではもう決めることをしたかどうか聞いている状況なので、経験形の方がいいです。ネイティブがこう言うケースに使います。