Is this the fee for a single matter or is it the fee for 'X' matters?
最初の例は簡潔に「費用は一件ごとに発生するのですか?」と問う形になります。こちらでは「for each matter」で"一件ごと"と表してます。話の内容によっては「matter」の他にも「case」(場合や事件、事情)も使えます。物なら「object」や「product」(商品)なども。「発生する」は「occur」。
次の例は「これは一件用の費用ですか?X数の件の費用ですか?」と問う形式になります。