onceは、副詞で『かつては』という意味と、『一度、一回』という回数や頻度を表す意味があります。
基本的には、文法上、副詞の位置に決まりはありません。ですが、その副詞によって修飾したい単語の近くに置く、もしくは、文章の流れとして発音しやすい位置に置く、時や頻度を表す単語(例えばtodayやtomorrowなど)は文章の最後に置くことが多いです。
Some stories were once letters.
は、『かつては』『手紙だった』ということを言いたいので、onceは『手紙だった』ことを修飾しています。よって、wereの近く(うしろ)に置くことがふさわしいです。
一方、Some stories were letters once.
は、『いくつかの物語は一度手紙だった。』と訳される可能性もあります。
例えば、『一度アメリカに行ったことがある。』は、I have been to America once.と言って、文章の最後にonceを入れますよね。これは、文章の流れとして発音しやすい位置にonceを置いてあり、かつ、時や頻度を表す単語は文章の最後に置くという傾向にならっています。
わかりづらい説明かもしれませんが、少しでも疑問が晴れてくだされば幸いです!