日本語とアイヌ語が全然違う言語と言う文脈であれば「２つの異なる言語」と少し意訳をして解釈をして two different languages と言うといいですね。
The Japanese and Ainu language are two different languages.
日本語とアイヌ語は２つの異なる言語です
The Tohoku dialect and Kansai dialect are two different dialects in Japan.
東北弁と関西弁は２つの異なる日本の方言です
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
ご質問について、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
the difference between languages
とすると、「言語と他の言語との違い」という意味になります。
例えば、「日本語とアイヌ語は言語そのものが違う」と言いたい場合は、
Japanese and Ainu are different languages.
とすると、「日本語とアイヌ語は[異なる](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/34974/)言語です。」となります。
一方、東北弁と関西弁のように同じ言語の中の違いを表す場合は、differences in dialects や dialect differences のほうが適切です。
役に立ちそうな単語とフレーズ
language 言語
dialect 方言
regional 地域の
linguistic 言語の、言語学的な
distinction 区別、違い
参考になれば幸いです。
アメリカ合衆国 
日本 
