こんにちは。質問ありがとうございます。
「払う」はpayで、「差額（分）」はdifferenceと言いまうす。
例
（私が）後で差額分を払います。
I will pay the difference later.
例
差額分を払えば、もっと高い商品と交換していいですか？
If I pay the difference, can I exchange it for something more expensive?
またの質問をお待ちしております。
「Pay the difference」と表すことができます。
Pay は「支払う」という意味の英語表現です。the difference は「差額分」を示す表現になります。
例えば他には cover the balance と言えば「残額を支払う」を指すことができます。settle the difference なら「差額を清算する」という意味です。
下記は例文ですのでぜひ参考にしてください：
You will need to pay the difference if the item has increased in price. 商品が値上がりしている場合は、差額分を支払う必要があります。
アメリカ合衆国 
