The cost of milk for lunches will be fully repaid later.
給食 lunch/meal
牛乳代 cost of milk
後で later
すべて fully/totally
払い戻されます will be repaid
「牛乳代の代」は cost で言えます。
例文 The cost of taxis has risen recently.
「最近タクシー代が上がりました。」
参考になれば幸いです。
If there are days that you didn't have milk with your school lunch, you'll be reimbursed later.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーIf there are days that you didn't have milk with your school lunch, you'll be reimbursed later.
「給食で牛乳を飲まない日があれば、後から払い戻されます」
払ったお金の払い戻しを言う時には、to reimburse をよく使います。
ご参考まで！
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