質問ありがとうございます。
こう言えますよ、
❶Please eat it, I don’t want it to go to waste.
(食べて〜、無駄にしたくないから)。
❷Please eat it, I don’t want to throw it away,
(食べて〜、捨てたくないから)。
❸Please eat it, I don’t like to waste food.
(食べて〜、食べ物を無駄にするの好きじゃないから)。
*ちなみに「もったいない!」は What a waste! です。
参考になれば嬉しいです!