The most beautiful place in Japan that's in Tokyo.
The most beautiful place in Tokyo.
「東京にある日本で最も美しい場所」を英語にすると、
The most beautiful place in Japan that's in Tokyo.
となります。
ちなみに「東京にある最も美しい場所」でもそこまで意味は変わらないと思うので、
The most beautiful place in Tokyo.
でも大丈夫ですよ。
「最も美しい〜」が the most beautiful〜となります。
ちなみに「最も興味深い場所」とかであれば the most interesting place、「最も楽しい場所」であれば the most enjoyable place のようになります。どうぞご参考に。