このシチュエーション、日本語だと「どうもすみません」と謝りますが、英語だと「ありがとう」というのが一般的です。
「お忙しいのにどうもすみません」は「お時間を作ってくれて・お時間を取ってくれてありがとうございます」と言うわけです。
Thank you very kindly for your time.
「あなたの時間をどうもありがとうございます。」=「お忙しいのにどうもすみません」
Thank you very much for making time for me.
「私のために時間を作ってくれてどうもありがとうございます。」=「お忙しいのにどうもすみません」
お国柄が出ている言い方ですよね!
ご参考になれば幸いです!