Pay once with tax, and then get cash back at the tax free counter.
「免税できるのですが、上記システムになっている」というのは You can get tax free products, but you need to follow this system で表現できます。
例文 If you pay first with tax, you can then get money back at the tax free counter.
「最初に一度税込で支払えば、免税カウンターでcash返金ができます。
参考になれば幸いです。