こんにちは。質問ありがとうございます。
「それ世界中にあるの?」はIs that all over the world?でも、Do they have that all over the world?でもいいです。二つ目に使われているのは、「ある国や地方(あるいは世界中)に何かがある」と言う時、haveの動詞を使い、主語はtheyにします。このtheyは特に誰かを指しているわけではなく、(その国や地方の)人間を全体的に指しています。
またの質問をお待ちしています。
Do they have that all over the world? というと「それは世界中にあるの?」となります。all over the world は「世界中」という意味です。「そのシステム」とつけるなら Do they have that system all over the world? になります。
別の言い方としては Do they have that system in other countries? 「他の国でもそのシステムはあるの?」となります。