The exterior box was broken, and the object at the bottom was broken too.
外箱 the exterior box/the outside box
潰れて broken/damaged
中身 contents
下の方の物 the object at the bottom
「複数の箱の中で一つだけ箱が潰れて、その中身も下の方に入ってる物が潰れていた」というのは Out of several boxes only one was broken, and an object at the bottom of all of the contents was broken で表現できます。
参考になれば幸いです。