I'm sure there are many things our daughter doesn't know, but please take good care of her nonetheless.
この質問の日本語をそのまま英語に訳すと
Our daughter is a bit incompetent, but please try your best to love her anyway.
直訳すると「娘はちょっと無能ですが、どうか娘を愛するのに最善を尽くしてください」
みたいになり、ちょっとおかしいです。
この場合、下のように言うのが良いかと思いますが、いかがでしょうか。
例：
I'm sure there are many things our daughter doesn't know, but please take good care of her nonetheless.
「娘は知らないことも多いですが、どうかよくしてやってください。」
謙遜の文化を持つ日本は、質問の日本語のように自分を（この場合自分の娘を）卑下して言いますが、実際に娘が無知な馬鹿娘だと思っている親は少ないですよね。
なので上の例文のように言うのが良いかと思います。
ご参考まで!
She is not good at anything but please be kind to her.
She is not good at anything but please take care of her.
直訳すると以上で書かれたような表現になりますが、ここはすごくに文化の違いが感じます。米国やヨーロッパなどの国では娘とか息子は結婚する時、このような表現は使われません。
"ふつつかな娘"は英語で"stupid daughter, daughter with no manners"と訳されます。英語では失礼な言い方になってしまいます。自分の子供だから、親は誇りに思っているので、相手の男性に
"please be kind and don't break her heart" = "優しくしてくれて、彼女の心を守ってください。"
"Take a good care of her" ="彼女を大事にしてください。"
とかは言われます。
カナダ 
ロシア連邦 
