put ... in xxx で「xxxに…を入れる」という言い方です。
「コーヒーにクリームを入れる」なら
put cream in my coffee
となります。
ーI put jam in my tea instead of sugar.
「砂糖の代わりに紅茶にジャムを入れる。」
instead of 「〜の代わりに」
ーI often put jam in my tea rather than sugar.
「砂糖ではなく紅茶にジャムをよく入れる。」
rather than「〜ではなくて」
ご参考まで!
「砂糖の代わりに紅茶にジャムを入れる」は英語で "I add jam to my tea instead of sugar." と言います。例えば、 I add jam to my tea instead of sugar. 「砂糖の代わりに紅茶にジャムを入れる」
他にも関連した表現として、 I prefer to use jam in my tea rather than sugar. 「砂糖よりもジャムを紅茶に入れるのが好きです」 もあります。