「私が飛行機に乗れないなら」は英語で If I can't go on an airplane または If I can't ride a plane などとなります。
If I can't ride a plane, how did you think I went on my business trip?
私が飛行機に乗れないなら、どうやって出張に行ったと思ってたの?
「思ってたの?」は過去形なので How did you think で did を使います。現在形にした場合は If I can't ride a plane, how do you think I go on my business trips? (飛行機乗れないなら、どうやって出張に行くと思ってるの?)
となります。