ご質問ありがとうございます。
「能力」=「ability」
「開発」=「develop」
なので、そのままで「developing (their) abilities」となります。
主語によって代名詞の「their」は変わります。単数形でも複数形でも、「ability」ではなく、複数形の「abilities」はそのままで言っても構いません。
この状況で社員について話しているので、「their」は一番ふさわしいと思います。
例文:
We have to focus on developing their abilities.
社員の能力を開発することに注力する。
ご参考になれば幸いです。