相手の要望を断ったのですが、
Thank you for your reply. と言われた場合、
You're welcome. や It's my pleasure.
と返事をするのはおかしいですか？
単純にそのThank you に対して返事をしてもいいのか
要求に答えられなかったにそのような返答をするのはおかしいかなと悩みます。
こんにちは。質問ありがとうございます。
相手の要求にこたえられなかった場合は、下のようなフレーズを使うといいです。
Sorry I couldn't help → 手伝えなくてすみません
Sorry I couldn’t be of help → 助けにならなくてすみません
I hope you find what you are looking for → あなたが探しているもの（物、人材、解決策など）が見つかるといいですね。
またの質問をお待ちしています。
アメリカ合衆国 
