そうですね、小麦粉の flour も花の flower も同じ発音なので、英語初心者だとちょっと難しいかもしれませんが、これは文脈から聞き分けるしかありません。
ですが、どちらも全く異なる意味ですので、少しでも聞き取れれば、推測するのは簡単だと思いますよ。
例：
I need some flour to bake a cake. Can you buy some on your way home from work?
「ケーキを焼くのに小麦粉がいる。仕事帰りに買ってきてくれる？」
bake「焼く」や cake「ケーキ」が聞き取れれば、小麦粉のことを言っているのは推測できますね。
My mother loved to take care of all her flowers in her garden.
「母は庭の花の手入れをするのが好きだった。」
こちらも garden「庭・ガーデン」が聞き取れれば、花のことを言っているのがわかりますね。
例：
The only way to tell the difference between the words "flour" and "flower" is from context.
「小麦粉と花の違いを知る唯一の方法は、文脈からのみです。」
ご参考まで！
シンプルで自然なのが
"How do you tell them apart?"
です。
"them" は今回だと flour（小麦粉）と flower（花）を指していて、「どうやってその2つを聞き分けるの？」という意味になります。
もう少し説明的に言うなら
"How can you tell which one it is?"
も使えます。
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