エコノミーの座席を持っていて、当日のチェックインカウンターでビジネスクラスに空きがあれば有料でもいいのでアップグレードしたいときに。
「有料で」は for a fee/for a charge で言うことができますが、この場合に pay extra にすれば自然的な言い方になると思います。
直訳するとこれが「余分を払う」ということになり、(決めてある値段よりもっと払う)意味になります。
例文 If I pay extra, can I get an express delivery?
「有料で速達便ができますか?」
参考になれば幸いです。